自動インデントも改行時のインデントもおかしい、、という時は :filetype indent on になっているか確認しましょう。
vim で適当なファイルを開いて :filetype コマンドで確認できます。
# こんな感じで表示される filetype detection:ON plugin:OFF indent:OFF
ここでファイルを開いたまま :filetype indent on コマンドを打っても ON にはなりますが、すでに開いているファイルに対しては何も変わらない（変更後に開くファイルに対しては有効になる）ので .vimrc に以下を追記しましょう。
" .vimrc filetype indent on
以下の書き方で同時に plugin も ON にできるようです。（defaults.vim ではこの書き方がされている）
" .vimrc filetype plugin indent on
参考
https://vim-jp.org/vimdoc-ja/usr_05.html#vimrc-filetype
https://vim-jp.org/vimdoc-ja/filetype.html#:filetype-indent-on
